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人工智能:為藥物研發(fā)加速賦能

07-30 06:57


英矽智能科技(上海)有限公司研發(fā)人員在全自動化實驗室進行實驗。 受訪單位供圖


◎沈涵本報記者王春


編者按:人工智能正在重塑科學研究范式。從加速新藥研發(fā)到破解宇宙奧秘,從模擬氣候變化到揭示基因密碼,AI在提高科研效率、拓展研究邊界方面展現(xiàn)出巨大潛力。今起,本報推出解碼“AI+科研”系列報道,介紹AI在醫(yī)藥、數(shù)學、材料、化學、天文等領域的應用成果,探討AI賦能科研高質(zhì)量發(fā)展的前景。


篩選所有基因中的潛在靶點,發(fā)現(xiàn)帕金森病全新治療靶點并篩選出候選藥物;提前15年預測阿爾茨海默病發(fā)病風險,診斷精準性超過98.7%……近年來,復旦大學在醫(yī)學領域取得系列突破。這些突破背后,離不開云上科研智算平臺CFFF提供的AI算力支持。該平臺由復旦大學、阿里云等共同打造,以公共云模式提供超千卡并行智能計算,支持千億參數(shù)的大模型訓練,具有大規(guī)模、高能級的特點。


當前,AI已從一個研究領域變成一類賦能技術(shù)。多位專家近日接受科技日報記者采訪時表示,在醫(yī)藥健康領域,AI已應用于靶點發(fā)現(xiàn)、藥物設計及臨床試驗等方面,顯著提升了科研效率,但“數(shù)據(jù)孤島”等挑戰(zhàn)也不容忽視。


改變藥物研發(fā)模式


AI技術(shù)正在改變靶點發(fā)現(xiàn)模式。傳統(tǒng)的假設驅(qū)動研究模式下,研究者依據(jù)現(xiàn)有理論體系,推測某一蛋白在致病蛋白傳播過程中作用重大,再設計實驗證實。這種模式耗時耗力,還易忽略現(xiàn)有理論體系外的可能性。


有了AI技術(shù),數(shù)據(jù)驅(qū)動的研究模式成為可能。這是一種無預設的研究思路,在所有基因中篩選潛在靶點,再通過體內(nèi)外基礎實驗驗證,可大幅提升數(shù)據(jù)分析規(guī)模和研究效率。


“我們用大模型技術(shù)對超100萬個樣本進行大規(guī)模全基因組關(guān)聯(lián)分析,發(fā)現(xiàn)FAM171A2基因的5個位點突變與帕金森病風險顯著相關(guān)?!睆偷┐髮W附屬華山醫(yī)院教授郁金泰介紹,病理性α - 突觸核蛋白是帕金森病的關(guān)鍵致病蛋白,此前沒人研究過FAM171A2這種神經(jīng)元細胞膜蛋白在α - 突觸核蛋白傳播過程中的作用。


AI在化合物篩選環(huán)節(jié)作用也很顯著。


傳統(tǒng)研究模式下,針對高創(chuàng)新性靶點的藥物開發(fā)需反復試錯。研究者要從數(shù)以萬計的分子中篩選出兼具活性與選擇性、耐藥性良好、吸收代謝特性優(yōu)異且安全性達標的分子,才能進入臨床階段。這種依賴專家經(jīng)驗與創(chuàng)造力的方式耗時久、成本高。而AI蛋白結(jié)構(gòu)預測和虛擬篩選技術(shù)能快速預測哪些分子可能成為有效藥物,在一些案例中,AI甚至能在48小時內(nèi)篩選1億個化合物。


在CFFF平臺助力下,郁金泰團隊能在所有基因中精準篩選潛在靶點,還從7000余種小分子化合物中快速找到可有效抑制FAM171A2蛋白和病理性α - 突觸核蛋白結(jié)合的小分子?!霸拘钄?shù)十年完成的工作,我們僅用了5年。”郁金泰說。


CFFF平臺還支持了團隊的另一項研究。團隊用AI技術(shù)從6361種腦脊液蛋白中篩選出4種與阿爾茨海默病高度關(guān)聯(lián)的蛋白。基于這些新的診斷生物標志物開展聯(lián)合診斷,可提前15年預測阿爾茨海默病發(fā)病風險,且精度超98.7%。據(jù)悉,基于該成果研發(fā)的阿爾茨海默病早篩早診檢測試劑將于今年底在各大醫(yī)院和體檢中心上線。


提升臨床試驗效率


藥物上市前需經(jīng)歷臨床試驗并通過藥品監(jiān)管部門嚴格審批?!斑M入臨床階段后,AI篩選的藥物與傳統(tǒng)藥物一樣沒有捷徑。”英矽智能科技(上海)有限公司聯(lián)合首席執(zhí)行官任峰說。


但這并不意味著AI在臨床階段無用,相反,這一階段迫切需要AI介入。


傳統(tǒng)臨床試驗在受試者招募、篩選、數(shù)據(jù)采集和質(zhì)控等方面效率低下,導致經(jīng)濟和時間成本高、失敗風險大。而AI可優(yōu)化患者招募標準,預測試驗結(jié)果,模擬臨床試驗,為突破傳統(tǒng)臨床試驗瓶頸提供新思路和方法。


今年6月,某慢性阻塞性肺病長效霧化支氣管擴張劑上市申請獲批。在其Ⅲ期臨床試驗的患者招募環(huán)節(jié),醫(yī)渡科技有限公司打造的患者招募智能體發(fā)揮了大作用,使入組速率提升超30%,且質(zhì)量維度嚴格控制在90%以上?!霸撝悄荏w的準確率較傳統(tǒng)模式提高3倍以上?!痹摴旧茖W事業(yè)部智能臨床試驗負責人郝原說。


一些企業(yè)積極探索將AI技術(shù)用于臨床試驗結(jié)果預測。英矽智能利用自主研發(fā)的AI臨床試驗預測引擎“inClinico”,已準確預測了多項臨床試驗Ⅱ期至Ⅲ期的轉(zhuǎn)化結(jié)果。


在臨床數(shù)據(jù)管理環(huán)節(jié),AI同樣潛力巨大。上海耀乘健康科技有限公司的AuroraPrime平臺能將臨床研究報告初稿的生成時間減少90%,總體節(jié)省45%的時間。


AI還可以優(yōu)化臨床試驗方案。溫州醫(yī)科大學李校堃院士團隊利用AI優(yōu)化生長因子類藥物臨床試驗方案,成功縮短了轉(zhuǎn)化周期。


AI帶來的變革已滲透到臨床試驗各個環(huán)節(jié)。根據(jù)調(diào)研機構(gòu)PrecedenceResearch的數(shù)據(jù),2025年全球AI臨床試驗市場規(guī)模將達到26億美元,2034年預計超過223.6億美元。


業(yè)內(nèi)人士認為,AI臨床試驗市場正處于爆發(fā)式增長前夕,技術(shù)革新將極大提升行業(yè)運行效率。同時,值得注意的是,監(jiān)管框架的滯后性與數(shù)據(jù)隱私保護、技術(shù)濫用等倫理風險是制約行業(yè)健康發(fā)展的關(guān)鍵瓶頸,亟需構(gòu)建適應性監(jiān)管體系與倫理治理框架。


面臨“數(shù)據(jù)孤島”挑戰(zhàn)


在大數(shù)據(jù)與大知識融合的時代,算力成為重要的科研生產(chǎn)力。隨著算力水平不斷提升,科研效率也大幅上升。


復旦大學類腦智能科學與技術(shù)研究院研究員程煒對算力的躍遷感觸頗深?!?011 - 2012年,我們買了幾臺機器,處理100人的影像數(shù)據(jù)已很難,一臺小服務器跑了好幾天?!彼f,如今,CFFF平臺提供了更充足算力,可以實現(xiàn)多任務同時計算。依托該平臺,他有信心建立更大的數(shù)據(jù)庫來推動研究。


程煒說,隨著AI時代對算力需求的增長,以及對數(shù)據(jù)安全和隱私保護的重視,很多高校都在建立或強化自己的計算平臺?!坝绕涫窃谏婕懊舾信R床數(shù)據(jù)的研究中,自己擁有計算平臺必不可少?!彼f。


但從另一個角度來說,這也會加劇數(shù)據(jù)壁壘問題。數(shù)據(jù)資源的碎片化現(xiàn)象,將制約“AI+醫(yī)藥”的技術(shù)潛能釋放?!叭绻枰狝I發(fā)揮更大作用,就要創(chuàng)造更多標準化數(shù)據(jù)?!本┲撬幖夹g(shù)(上海)有限公司聯(lián)合創(chuàng)始人、首席執(zhí)行官馬健說,未來5到10年,希望行業(yè)在高質(zhì)量數(shù)據(jù)生成方面投入更多精力。


“AI藥企普遍使用公開數(shù)據(jù)以發(fā)展算法技術(shù),現(xiàn)在數(shù)據(jù)量尚夠,但隨著行業(yè)進步,企業(yè)對算法精度的要求會越來越高,未來必然形成大量標準化數(shù)據(jù)缺口?!比畏逭f,英矽智能常年保持一支20 - 40人的數(shù)據(jù)挖掘團隊,每天保持相關(guān)數(shù)據(jù)更新,但行業(yè)內(nèi)“數(shù)據(jù)孤島”問題不容忽視。


多位受訪者認為,在“AI+醫(yī)藥”領域,更深層挑戰(zhàn)在于信任機制,以及AI工具與臨床工作流的融合程度。當前,制藥企業(yè)與AI開發(fā)者正通過構(gòu)建跨機構(gòu)數(shù)據(jù)協(xié)作機制、開發(fā)可解釋性AI模型及建立標準化驗證與部署框架,積極推動行業(yè)開放合作。未來仍需通過進一步提升AI決策系統(tǒng)的透明度、制定符合臨床研究規(guī)范的透明化披露標準等方式,提升臨床醫(yī)生與監(jiān)管機構(gòu)的信任。


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